Aux Îles, les ressources en eau potable sont limitées. La population est alimentée en eau par la nappe d'eau souterraine qui est en équilibre sur l'eau salée. Il est impératif de maintenir l'eau douce en équilibre sur l'eau salée à un certain niveau pour éviter qu'elle n'atteigne le seuil critique et ne soit contaminée par une infiltration d'eau salée.
Cinq systèmes municipaux de distribution en eau potable sont présents sur les îles du Cap aux Meules, du Havre Aubert, du Havre aux Maison, de la Grande Entrée et de l'Île d'Entrée. Ces systèmes exploitent l'eau souterraine à l'aide de 38 puits de pompage. Les résidents sont desservis en eau potable par la Municipalité des Îles-de-la-Madeleine.
L'eau potable de l'archipel est une eau de qualité. À preuve, la Municipalité des Îles-de-la-Madeleine a remporté le grand prix du jury au Concours de la meilleure eau potable municipale du Québec 2014.
