Le premier phare sur le Rocher aux Oiseaux a été construit en 1871 : il s'agissait d'une tour en bois, haute de 15 mètres. Construit en 1967, le phare actuel est une structure à plan hexagonal en béton armé surmonté d'une lanterne octogonale. Le phare du Rocher aux Oiseaux occupe un emplacement stratégique : non seulement marque-t-il l'extrémité nord des hauts-fonds entourant les Îles de la Madeleine, mais aussi la présence d'un rocher dangereux, isolé en plein milieu du golfe du Saint-Laurent. On le surnomme souvent « la sentinelle du golfe ».
Auparavant, le phare du Rocher aux Oiseaux était uniquement accessible par un escalier qui permettait de gravir la falaise de plus de 30 mètres. Plusieurs gardiens s'y sont succédé, vivant dans une solitude totale, jusqu'à son automatisation en 1988. Bien que complètement laissés à l'abandon après l'automatisation, plusieurs bâtiments, dont la maison du gardien, un bâtiment abritant une génératrice, le hangar du criard de brume et une tour de télécommunications sont restés en place quelques décennies avant d'être démantelés à la fin de l'année 2020. Certains artéfacts de ce lieu mythique de l'histoire des Îles de la Madeleine ont pu être conservés par le Musée de la Mer avant la démolition.