Il y a un peu plus de 300 espèces qui ont été répertoriées aux Îles, mais c'est approximativement 200 espèces d'oiseaux qui fréquentent annuellement l'archipel. Ces oiseaux possèdent différents statuts : nicheurs, migrateurs, résidents, espèces hivernantes et visiteurs. Les oiseaux marins, de rivage et la sauvagine représentent la majorité des espèces qui composent la faune aviaire des Îles. On peut également observer des rapaces et des passereaux.
Les meilleurs sites d'observation se situent généralement aux abords des étangs, dans les zones d'oscillation des marées et dans les dunes, sur les îles et îlots en retrait du littoral, et en milieu forestier :
Les îles et îlots comme : l'Île aux Goélands à L'Étang-du-Nord (chemin Delaney), l'Île Paquet (dite « aux Cochons» près de la marina de Havre-aux-Maisons), l'Île Rouge (près du pont reliant l'Île du Cap aux Meules à celle du Havre aux Maisons) sont des sites intéressants. Pourquoi ne pas vous rendre visiter les falaises du Rocher aux Oiseaux, de l'Île Brion et de l'Île d'Entrée pour voir les colonies d'oiseaux marins. Des excursions y sont offertes par des journées de beau temps. Les sentiers du Parc des Buck sont également des endroits propices pour l'observation des oiseaux en milieu forestier.
